Joint ECDC‐EFSA Rapid Outbreak Assessment
External Scientific Report
Tipificación molecular
La tipificación molecular Forma de identificar cepas específicas de organismos analizando su material genético. Suele utilizarse para caracterizar bacterias o virus. de los microbios ha experimentado un rápido auge en los últimos años.
La tipificación de patógenos (microorganismos que causan enfermedades) transmitidos por los alimentos, como Salmonella, Listeria, E. coli y Campylobacter ayuda a identificar las cepas específicas responsables de los brotes de origen alimentario y a detectar amenazas para la salud emergentes. Al establecer una relación entre cepas y tipos de alimentos, es posible calcular la función de diferentes alimentos en las infecciones humanas. Esta técnica se conoce como atribución de origen
y se ha empleado en numerosas ocasiones. Durante el brote epidémico de 2011 de E. coli productora de toxina Shiga, que provocó 4 000 casos y más de 50 muertes, la tipificación molecular desempeñó una función fundamental en la identificación de los casos y en la demostración de que la misma cepa era responsable de los grupos alemán y francés.
Hitos
2022
Julio
La EFSA lanza una plataforma para la recopilación y el análisis de datos de secuenciación del genoma completo Visualización de la composición genética completa de un organismo determinado. (WGS) sobre Salmonella, Listeria monocytogenes y Escherichia coli en alimentos y animales, a raíz de una solicitud de la Comisión Europea. La plataforma es accesible para las organizaciones nacionales competentes en materia de seguridad alimentaria, que cargarán los datos procedentes de la vigilancia anual de las enfermedades transmitidas por los alimentos. Interactuará con el sistema equivalente de recogida de datos del ECDC.
La plataforma apoyará el trabajo de la EFSA y el ECDC en la evaluación rápida de brotes, y en última instancia ayudará a proteger a los consumidores europeos.
2019
Diciembre
Los expertos evalúan el posible uso de la secuenciación del genoma completo y la metagenómica para investigar brotes de origen alimentario, en análisis de atribución de fuentes y evaluación de riesgos microbiológicos. También analizan las ventajas y limitaciones de las metodologías basadas en la secuenciación de nueva generación para caracterizar la salmonela y STEC y detectar genes de resistencia a los antimicrobianos La capacidad de los microbios de crecer en presencia de sustancias diseñadas específicamente para destruirlos; por ejemplo, ciertas infecciones en los seres humanos son actualmente resistentes a los antibióticos, lo que suscita preocupaciones sobre su uso generalizado. en bacterias.
Mayo
A petición de la Comisión, la EFSA y el Centro Europeo para la Prevención y el Control de las Enfermedades (ECDC) proporcionan asistencia técnica para la recopilación y el análisis de datos de secuenciación del genoma completo (SPG). Los expertos evalúan la situación actual de las herramientas existentes e identifican necesidades y requisitos para el sistema conjunto de recopilación de datos de EFSA-ECDC.
2018
Junio
La Comisión Europea y la EFSA, contando con la asistencia de los laboratorios de referencia de la Unión Europea (EURL), publican un informe sobre un estudio efectuado entre las redes de laboratorios de la UE/AELC en relación con los principales patógenos transmitidos por los alimentos. El objetivo del estudio es obtener información sobre la capacidad en materia de secuenciación pangenómica de los laboratorios de seguridad alimentaria y veterinaria de la UE y los países asociados (AELC).
2014
Agosto
La EFSA evalúa los requisitos para la definición de las actividades de vigilancia de patógenos transmitidos por los alimentos cuando se aplican métodos de tipificación molecular. Los expertos también revisan los requisitos relativos a la recopilación y el análisis de datos armonizados, necesarios para comparar las tendencias a lo largo del tiempo y en zonas geográficas diversas.
Junio
Alrededor de 90 científicos destacados, evaluadores del riesgo, responsables de la formulación de políticas y gestores del riesgo que trabajan en el campo de las zoonosis transmitidas por los alimentos, asisten a un coloquio científico de la EFSA para debatir sobre el recurso a la SPG de los patógenos transmitidos por los alimentos para la protección de la salud pública.
2013
Diciembre
La EFSA examina los métodos de tipificación molecular aplicados a la Salmonella, Campylobacter, E. coli productora de toxina Shiga y Listeria monocytogenes.
Los expertos evalúan los métodos basándose en criterios específicos: su capacidad discriminatoria (capacidad para distinguir entre patógenos), su reproducibilidad y su idoneidad para la armonización internacional. También evalúan su idoneidad en diferentes aplicaciones de salud pública, como las referidas a la detección e investigación de brotes, la estimación de la contribución de diversas fuentes a las enfermedades y la predicción de las cepas que pueden causar epidemias.
Papel de la EFSA
La EFSA proporciona herramientas y bases de datos para respaldar la recopilación de datos sobre la tipificación molecular de patógenos transmitidos por los alimentos en alimentos y animales. En última instancia, el trabajo de la EFSA en el campo de las enfermedades transmitidas por los alimentos ayuda a los responsables de la toma de decisiones en la Unión Europea a formular políticas y adoptar medidas para proteger a los consumidores.
La EFSA coordina la recopilación de los resultados tradicionales de tipificación molecular (electroforesis en gel de campo pulsado o PFGE) de cepas detectadas en alimentos y animales de Salmonella, Listeria monocytogenes y Shiga-toxin producing E. coli (STEC) remitidas por laboratorios nacionales de referencia y otros laboratorios oficiales.
El ECDC se encarga de la recopilación de datos similares referidos a cepas humanas. Los datos están sujetos a una armonización intersectorial (alimentos, animales y seres humanos).
Tras su presentación, los datos se validan y recopilan en una base de datos conjunta del ECDC y la EFSA, de modo que puedan realizarse análisis conjuntos de cepas humanas y no humanas.
Marco de la UE
La Comisión Europea elaboró un documento de estrategia sobre el desarrollo de bases de datos para el análisis molecular de patógenos transmitidos por los alimentos con vistas a reforzar la preparación frente a brotes epidémicos. La EFSA, el ECDC y los laboratorios de referencia de la Unión Europea contribuyeron a la elaboración del documento, que establece los contextos para el trabajo en este campo a escala de la UE y nacional.