Työmme ytimessä ovat EFSAn ulkopuolisten tieteellisten asiantuntijoiden tietämys, kokemus ja päätöksenteko. EFSAn tieteelliset lautakunnat vastaavat kaikista virastolle kuuluvista arvioinneista. Lautakuntia on 10, ja niistä jokainen käsittelee elintarvike- ja rehuketjun eri osa-aluetta.
Tieteellisen komitean tehtävänä on tukea lautakuntien työskentelyä tieteidenvälisissä kysymyksissä. Sen tehtävänä on kehittää yhdenmukaistettuja riskinarviointimenetelmiä sellaisille aloille, joilla ei ole vielä määritetty EU:n laajuisia toimintatapoja.
Tiedekomitean ja 10 lautakunnan jäsenyys uusitaan viiden vuoden välein perusteellisen ja avoimen valintamenettelyn jälkeen.
